Кишечная микрофлора формируется с самого рождения человека на основе микрофлоры организма его матери. Так же, как у каждого человека уникальны отпечатки пальцев или ДНК, уникален и состав его кишечной микрофлоры. Бактерии Bacillus subtilis не колонизируют уникальную микрофлору человека, так как не являются ее частью. Они только уничтожают патогенные микроорганизмы, живущие в нашем кишечнике, и тем самым создают условия для размножения здоровой микрофлоры. Лактобактерии, входящие в состав большинства современных пробиотиков, вырабатывают только молочную кислоту. Таким образом, они занимают определенную нишу в пищеварительном тракте и способствуют появлению
патогенных кишечных микроорганизмов. Бифидобактерии зарождаются только на молоке матери и защищают толстый
кишечник от инфекций. Bacillus subtilis вырабатывает биологически активные вещества, которые не только убивают патогенные бактерии в кишечнике, но и являются в какой-то мере пищей для нашей здоровой микрофлоры. Так, в 100г размноженных бактерий Bacillus subtilis находится примерно 40г чистого протеина.